菌落总数、总大肠杆菌、耐热大肠菌群、大肠埃希菌群、粪大肠菌、沙门氏菌、大肠杆菌、粪链球菌等、肠道杆菌科、金黄色葡萄球菌、绿脓杆菌、李斯特菌、产气荚膜梭菌、亚硫酸盐还原梭状芽孢杆菌、霉菌（曲霉属真菌、曲霉菌）、酵母菌及军团菌等。
总大肠菌群主要包括畅杆菌科中韵埃希氏菌属、柠檬酸杆菌属、魔雷伯氏菌属和肠杆菌属。分布较广，在恒温动物粪便和自然界广泛存在。调查研究表明，大肠菌群细菌多存在于恒温动物粪便、人类经常活动的场所以及有粪便污染的地方，人、畜粪便对外界环境的污染是大肠菌群在自然界存在的主要原因。粪便中多以典型大肠杆菌为主，而外界环境中则以大肠菌群其他型别较多。如果大肠菌群严重超标，可能会引起肠道传染病或食物中毒。
沙门氏菌是一种常见的食源性致病菌。属肠杆菌科，革兰氏阴性肠道杆菌。已发现的近一千种（或菌株）。按其抗原成分，可分为甲、乙、丙、丁、戊等基本菌组。其中与人体疾病有关的主要有甲组的副伤寒甲杆菌，乙组的副伤寒乙杆菌和鼠伤寒杆菌，丙组的副伤寒丙杆菌和猪霍乱杆菌，丁组的伤寒杆菌和肠炎杆菌等。除伤寒杆菌、副伤寒甲杆菌和副伤寒乙杆菌引起人类的疾病外，大多数仅能目引起家畜、鼠类和禽类等动物的疾病，但有时也可污染人类的食物而引起食物中毒 。
粪链球菌革兰阳性球菌，触酶试验阴性，在65%NaCl中生长，胆汁七叶苷试验阳性，45℃中生长粪肠球菌分布在畜、禽养殖场所和畜、禽产品生产加工的环境中，存在于人和动物上呼吸道、消化道、生殖道内，广泛分布于自然界中可引起医源感染，最常见为尿道感染（大部分与尿道器械操作、导尿等有关）。其次为腹部和盆腔等部位的创伤和外科术后感染。
金黄色葡萄球菌形态为球形，在培养基中菌落特征表现为圆形，菌落表面光滑，颜色为无色或者金黄色，无扩展生长特点，将金黄色葡萄球菌培养在哥伦比亚血平板中，在光下观察菌落会发现周围产生了透明的溶血圈。在国标中制定了金黄色葡萄球菌的限量标准，规定熟肉制品、熟制水产品、熟制粮食制品等 8大类食品中，同批次采集 5 份样品，每份样品中的金黄色葡萄球菌浓度均不得超出 100 CFU/g，仅允许其中1份样品在 100~1000 CFU/g之间。
微生物检测仪可检测的各类细菌介绍下篇请继续阅读。
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